随着现代科学的发展，出现了自然分类系统。它的优点是更科学化、系统化，更能符合自然发展的规律。按照我国传统医药（包括汉医药和民族医药）学著作的分类方法，无论是按药用部位（根、茎、叶、花、果实、种子、全草、皮、树脂或心、肝、脾、肾、肉、血、角、爪、骨），或性味功效，或药名条目笔划排列的分类法，都存在一些重复，且有许多问题难以圆满解决。如同一种植物的根、茎、叶、花、果实、皮分别入药时，则在各部位都要出现该种植物。为了照顾不熟悉自然分类系统方法的老医生，可在书末作一个按药名笔划为序或性味功效的分类附录，以利于查阅。
按自然分类系统，究竟如何排列？笔者主张遵循大自然的客观规律，其顺序是矿物药、植物药、动物药3大类。矿物药按成矿因素或矿物化学成分分类排列。植物药按孢子植物（藻、菌、苔藓、地衣、蕨类）、裸子植物、被子植物（双子叶、单子叶）为序。动物药按鱼、两栖、爬行、兽、禽、昆虫为序。
藏药的分类自成系统，与其他药学体系不同。以下仅以矿物药的分类为例，加以分述。
藏文献将矿物药分为珍宝、石、土、盐碱4类，共177品850味。其品、味数相差如此悬殊，除前所讲一物多名外，其他因素有待进一步研究。本书未按矿物成因和成分分类，暂用《晶珠本草》分类法。
珍宝类药物
分不熔和可熔性两类。包括57种，166味。不熔性珍宝有金刚石、玉石、蓝宝石、吠琉璃、映红、曲亮、曲强奈喇、铜墨、刀拉、翡翠、蛇宝、如意石、水晶、珊瑚、司亮、花斑璃、红玛瑙、琥珀、珍珠等42种，104味。可熔性的珍宝类药物有金（黄金、赤金）、银、水银、红铜、铁、铁锈、霹雳铁、铁陨石、青铜、黄铜、锡、铅、锌等15种，61味。
珍宝类药物功效广，在治疗疑难重症的处方常用。如黄金能解珍宝类药物中毒，健体强身、延年益寿。银能收敛"黄水"、干脓血。铜清肝、肺之热，干脓血。铁解肝中毒、消浮肿、治眼疾。珍珠治脑漏。珊瑚清肝热、脉热、毒热。蓝宝石除诸病。红玛瑙辟邪、治癫痫。琥珀明目，治翳障。
石类药物
分不熔和可熔性两类，包括64种，594味。
可熔性石类约有14种，22味。如磁石有治脑骨伤、脉病、拔弹镞之效。金、银矿石可舒泻脉病，引流“黄水”。花蕊石明目、愈疮、干“黄水”。银砂接骨。锡矿愈疮、敛脓、生肌。
不熔性石类药约有49种，527味。如赤石脂干“黄水”，固骨脂、接骨。甘石清肝热，敛“黄水”。寒水石清“培根”热、治骨髓炎。猪头石补骨、健骨，托引“黄水”。石燕、石脑、石胆、龙脑石均有补脑、干“黄水”、愈伤之效。云母石清骨热、利目。石青舒脉益伤，治肾病、淋病。滑石疏脉通络。
土类药物
土类药物分天然和炮制两类。包括17种，31味。如金砂治脉病、肾病。禹粮土清脉热、愈脏伤、干脓血。黄丹清脉热、肌热，祛腐生肌。靛青治烧伤、眼疾。碱士清烦热、除瘟疫热。獭洞土治“察乃”病。
在精华类药物中尚有石膏，清肺热、利黄胆。牛黄、象黄清肝热、腑热。地松脂（系含金、银、铜、铁、锡、锌等的单一矿复含矿岩中渗出的汁液，凝结成块状物）清胃热、肝热、肾热，除诸热，治一切热性病。
盐碱类药物
盐碱类药物的形成是由水素和火热二因素所致。其形成过程虽有神奇之说，但从藏药理论上讲，它认为盐碱类药物具有水的稀凉、重、钝、缓、润、软七效；具有火的热、锐、燥、糙、轻、干、动七效。其功效生“培根”、“赤巴”，祛风、通二便。性锐而开胃、消食、生血。《协据》（论说医典）记载：“盐碱的功效开窍散痞、生热发汗，提升胃热、开胃；内服过量，会导致脱发、白发、烦渴、生癫、生丹毒、生血、生'赤巴'、肌肤皱纹多、记忆力减退。”《月光》记载：“盐碱味咸、甘、酸，性重，开通肠结，通二便。”但不同种类盐碱性味功能也不一样。大青盐生“培根”、“赤巴”，光明盐和黑盐则不生“培根”、“赤巴”；大青盐利气，而硵砂和白秋石盐则不利气。因此对不同种类药要作分析。
加察（硵砂）解毒、杀虫、舒脉、祛腐。治咽喉病、虫病、“黄水”病、脉管炎、疮疡久溃不敛。
加木察（光明盐），《晶珠本草》记载：“光明盐治消化不良、寒性‘培’与‘龙’的合并症。”光明盐有二品，色白，有光泽，状如水晶，敲碎时破裂呈方粒，此为上品。反之，色青黑，有星状斑点，为下品，称黑盐。光明盐性凉，黑盐性温。
卡日察（紫硵砂、藏红盐）提升胃温，消腹胀。治“培根”、“龙”的合并症，嗳气、胃脘胀满。但又有记载：紫硵砂性润、温，味辛，治上身“培根”、下身“龙”病，刺痛、身重、便秘、脘腹胀满、胃寒。
嘎策尔（明矾又名白矾）由硫酸盐类矿物明矾石（碱性硫酸铝钾）煎炼而得，轴晶系六面体、八面体、五角十二面体。清胃火，治口臭、骨病。
坎尔贡（白石脂）为硅酸盐类矿石，高岭石类粘土，主要矿物为多水高岭石受热逐渐脱去二分子水而成。其功效治虫病、中毒病、凶曜病、龋齿。
吉岗（石灰石）为碳酸盐类矿物，主要是碳酸钙的粉状块。其功效治肺炎、眼黄病、各种疮痈。
吉娘察（黑盐、盐、井盐、湖盐等）由海水、湖水、井水等咸水蒸发制得的氯化钠结晶，常带有钾、镁、钙、碘等盐。其功效治“培根”与“龙”合并病症、眼病、消化不良、寒性病。
纳札尔（黑矾、绿矾、青矾、皂矾等）系硫酸盐类矿石，又称皂矾、黑矾、青矾。其功效治口腔病、牙龈病、伤口腐肉、瘤子。
布圾（胆矾）为五水硫酸铜矿石，亦可化学制备。有的含镁和锌。其功效治痈疽肿毒、瘤子、眼中胬肉。
喔朵（碱花）为咸水湖（池）天然生成的一种含碳酸钠与碳酸氢钠混合物的结晶。其功效祛腐、排脓解毒、助消化。治“培根”胃胀、虫病、中毒性肝病、胃寒、胃肠炎、食物中毒、伤口久溃不敛、疮痈、大小便不利。
扎日察（卤盐或卤碱）为食盐滴下的卤水收集滤过，蒸干而得的氯化镁，其中尚含少量钠、钾、钙、锶、铁、硼、硫、溴等。其功效治“培根”病、消化道疾病、生殖腺疾病。
察拉（硼砂）是硼酸盐矿物中最常见的一种。其功效活血化瘀、祛腐生肌。治动脉硬化、“黄水”病、月经闭阻、便秘、疮疡不敛。
亚哇卡（芒硝）为硫酸盐类矿石。其功效温胃、助消化，治胃寒、便秘。
蓝察（大青盐），其功效消食、破痞瘤，治“培根”与“龙”合并症、痞瘤、喉炎、消化不良。 热察（角盐）系野牛、岩羊、山羊的角炒黄、研细粉，三角各1份、食盐3份、水8份共煮，不断搅拌加入少许朱砂和碱花，煮至成糊状，装入白骨质的岩羊角空洞中，置热灰中3昼夜即成。其功效治胃寒、大小肠寒症、六腑寒性病。
赛尔扎日（黄矾）为硫酸铁类矿石，其功效祛腐生肌，破痞瘤。
藏医药文献中记载矿物药多达177种，850味。目前已知临床应用的仅百余种左右。其数相差悬殊的原因，一是部分药物失传，虽有记载，但实物不明。二是一品名（物）则包括多种别名或加工炮制后的名，如寒水石一名（物）则有500个品名。其来源是将寒水石分为雄、雌、中、子、女5种，每种又分特、上、中、下四品，即20品。然后再以5色分类，即20x5=100品，再以5钯相杂予以排列组合，于是成为500品了。地松脂一物有115品名，其来源与寒水石相似。由此产生了品种与味数的悬殊。