藏医药有近两千三百余年的历史，是藏族人民通过长期的实践，不断积累完善而形成的具有完整理论体系、独特治疗方法和浓郁民族特色的医药学体系。在历史上藏医药形成南北两派，甘孜州是藏医药的发祥地之一，南派藏医药的故乡。
历史上把以康巴为中心的藏医药称为南派藏医药。康巴地区包括四川甘孜州、云南迪庆州、西藏昌都地区及青海玉树州，总面积55万平方公里。
藏医药学到公元12至15世纪，产生了以向巴·郎加扎桑为代表的北派藏医药和以宿喀·娘尼多吉为代表的南派藏医药。南派藏医药经过杰巴泽翁、释迦汪秋、五世达赖喇嘛、达姆·门然巴洛桑曲批等藏医药学家的继承和发展，一直到司都·确吉迥列，南北派藏医药学才逐渐合而为一，而南派藏医药一度成为藏医药中坚力量，领导了整个藏医药学的继承、发扬。以嘉央·青则江布等为杰出代表的19世纪初南派藏医药学家，使藏医药有了空前的发展。
藏医药学是藏族文化的重要组成部分，对研究藏族社会的发展具有极其重要的价值。同时，对保护人们的健康起着重要的作用。
随着环境恶化对人体健康带来的危害、化学药物的毒副作用及其在治疗疾病过程中面临的无奈，人类越来越认识到藏医药对健康保健的重要作用。现代科学更进一步证实了藏医药学对人类健康保健、疾病预防的科学价值。