藏族祖先们在原始社会时期，在与大自然的斗争过程中，逐步认识到一些动物、植物、矿物具有祛除人体疾病的道理，还认识到有些动物、植物和矿物对人体有毒害作用。同时就产生了“有毒就有药，有药就有毒，药与毒并存，互为变化”的最早医学理论，这是藏医药学最原始的理论。这些丰富的经验，都是以耳传口授，代代相传，保存于民间。
后来随着人类对自然界的认识不断加深和文字的产生，使零星分散的治病经验记载成文，通过长期的临床实践，不断总结前人经验和借鉴吸收其他民族的医药理论与实践，逐步形成比较科学、系统和完整的藏医学理论。
藏族医学是藏族在漫长的历史进程中，人们在与自然灾害、猛兽、疾病作斗争的过程中，认识疾病，征服病魔的经验日积月累，世代相传，逐渐丰富，便形成了与一定的经济环境和文化背景相伴而生的智慧结晶，是藏族人民长期与疾病作斗争的经验总结。
藏族的医学并非起源于印度。把藏医的起源与佛教联系在一起的观点不符合客观事实。当然，古印度医学对藏医产生巨大影响是肯定的。