约在公元14世纪初，藏医医学在发展过程中逐步形成带有地方性的南北两个学派，南方学派总结了藏区南部地区的多发病、常见病及其治疗方法；北方学派总结了藏区北部地区的常见病、多发病及其治疗方法，两派共同促进了藏医学理论与实践的进一步发展。
南方派的代表人物为索卡娘尼多吉(又称尼木多吉)和贡乔仁青等人。索卡娘尼多吉(1439-1475年)从14岁开始就与北方医派米易尼玛问答，讨论医学问题，他学识渊博，医术精湛，著有《藏医千万舍利》、《四部医典注水晶彩函》、《四部医典问难银光宝鉴》、《甘露之池》等十多部医药论著，奠定了藏医南方学派的理论基础。
索卡娘尼多吉培养了众多门徒，其中有名的就有60多人，如查木斯朗巴、才昂、措曼康青等都是著名医学家。
索卡娘尼多吉在藏族医学发展史上，功绩显赫，名留千古。
南方学派的另一名医索卡洛追杰布(1509-1584年)是娘尼多吉的后代。他拜林布曲吉为师，学习和研究医学，对医学的讲、辩、著述之道无所不通。著有医学巨著《祖先口述》和《医药问答录》、《医学概论庆喜仙人之歌》等多部医著。
北方派的代表人物有绛巴朗吉扎桑、米易尼玛土瓦顿登等人。
绛巴朗吉扎桑(1395-1475年)出生在后藏昂仁地方，从小聪明好学，是个著名的大学者，医学家。他的著作除因明、声明、工巧明及天文历算外，医学论著很多，主要有《八支集要如意宝珠》、《医药宝甲》、《三百六十医法辨别》和《四部医典注释》等。他的医学论著自成一家，以他的医学理论为基础，形成藏地北方学派。
北方学派的伦丁多智吉美所绘的《四部医典教学图画》医学挂图，是当时藏医人体解剖挂图的代表作品，后来第司桑杰嘉措主持绘制的《四部医典彩色系列挂图》79张医药教学挂图，主要以此挂图为底本。
米易尼玛土瓦顿登生于14世纪中叶。他一生行医济世，终生发展医学，成为北方医学派的著名医学家。他著有医书很多，最著名的有《四部医典注释四相庄严》、《脉经注释耳传金刚词句》等。
除南北两派医学家外，这个时期精通医药，行医济世、编著医药学论著的人很多。特别是噶举派僧人中名医很多。最著名的有达布拉吉索朗仁青(1079-1153年)。达布拉吉就是“达布地区的神医”之意。他在藏族医学史上占有重要地位。《达布医学拾零集》，是根据达布拉吉索朗仁青有关医学注释及实用决窍等零星著作汇编而成，是公元11世纪最著名的医书。