早在几千年之前，西藏本土原始教苯教徒们创立并利用医学这一工具。通过法事结合药物的力量治愈患者，使其成为信徒，特别是苯教祖师西饶之子—常松协布赤西，更是精通医学，著有《治毒验方拥中其巴》一书，书中主要讲的是动物身上取出来的翁波日布性能作用等。还编有外伤论著《医治骨肉经脉的秘诀大亚耿经》等重要书籍，并将以前散落的医学经典也作了归集。苯教许多经典记载到苯教有医学的著作《崩西》，此乃常松杰普赤西所著，并认定这也是藏医《四部医典》的源出，苯教《四部医经》是藏族现存最早的医药专著。
吐蕃时期是藏族历史上最为强盛的时期，当时医学也得到了史无前例的丰富与发展，由藏、汉两族医学家联合翻译成藏文的《医学大全》、由藏、汉、印三地医生合编的医著《无畏武器》，是医学交流的一大成果，在藏医药的历史篇章里增添了更加辉煌灿烂的一页。
赤松德赞时期，组织译师把从印度、唐朝、大食、尼泊尔、波斯、突厥等国家和地区传入吐蕃的医学著作译成藏文，便于吸收借鉴这些国家和地区医学的精华部分，以促进藏族医学科学的发展。
当时的白若杂纳不仅是个著名的大译师，更是个很优秀的藏医药学专家学者，他编撰了《文殊本草》等较多药物学重要论著，《文殊本草》中收录草药药材达一百七十多种，配方一百三十多种。此时，还著名佛学家莲花生大师也编著了治疗瘟疫病为主的诊治各类疾病及养生保健知识融为一体的《甘露大宝瓶》等许多珍贵医学书籍。他们为藏医学的进步与发展起到了不可估量作用。
公元8世纪以宇妥·云丹衮波为首的藏族医学家们，在长期的医学实践中，全面总结前人经验，继承藏医的优良传统，积极吸收和借鉴印度、尼泊尔、中原、大食以及周边部族邦国的医学精华，编写出举世闻名的藏医学经典巨著《四部医典》。它的问世，标志着藏族医学已经进入成熟发展阶段。
南北两派于公元十五世纪逐步形成，两派都以《四部医典》的理论体系为主，依照上师的不同传承，结合各自所处地域气候等特点，总结各自不同的临床实践经验及认药配药方法，形成了各有各的特色和优势的两大派系，真正地成为了藏医学的又一特大弘扬时期，对藏医药的发展起到了承先启后的巨大作用。
南派藏医药是藏医药两大派系之一，在推进藏医药学的更加发展方面起到了巨大作用。追溯它的历史根源，可以追溯到比新宇妥·云丹衮波早出现四十七年的藏传佛教噶举派高僧塔波达俄协努时期，至今已有长达近千年的悠久历史。
南派藏医药正式创立的藏医药大师宿卡·娘尼多杰于公元1439年诞生在西藏林芝地区朗县境内，他培养了包括四大弟子在内的有名的藏医学家60多人，在建立健全南派藏医药学理论体系及推进藏医学的全面发展做出了不可磨灭的贡献。
南派藏医药分支是指在一个大的派系当中，在不同的地域、不同的上师内部出现的稍微与众不同的传承派系，它的诞生与形成，经历与发展，都与任何流派一样，需要经过一定的时间和人物。前后有宿卡·洛珠甲波及夏波班青派系、显巴泽翁派系、直贡派系、康巴派系等的分支。
多康地区的南派藏医药创始人著名大班智达司徒曲吉炯列在康巴文化发祥地德格，出生于藏历第十二若炯铁隆年，公元1700年。尊者对于苏氏学派在康区的弘扬做出了巨大的贡献，尊者拜苏氏学派分支直贡派的本仓意西和嘎玛登培为师，对于医学作了系统的学习，并得到了直贡派全部的秘诀教授，并前往印度、斯里兰卡、尼泊尔、内地等地交流学习，逐渐形成了独到的医学特点，并在德格八蚌寺建立了讲授医名学、内明学等十明文化的讲学院，广收门徒，培养了一大批精通十明文化的学者，不仅是藏医学，对于藏学文化在康区的弘扬都做出了重要贡献，现在康区在认药、配药等方面都以司徒班钦的宗风为主，所以目前康巴地区号称苏氏学派，其实就是源自司徒班钦所源医学。尊者在医学方面培养了许多有名高徒，如嘎玛额列单增，贝诺次旺根乔，岭麦扎西崩、降央钦哲旺布、蒋贡康楚颜登降措、久米旁朗加降措等。
四川省甘孜州号称南派藏医药的重要发祥地之一或发展中心，自从出现精通大小五明藏文化，具有大学者班智达称号的司徒·曲杰窘勒之后，依托德格土司登巴泽仁的重视与支持，创建了藏传佛教噶举派的第二大寺院八邦寺，并承担了德格印经院大藏经《甘珠尔》部分及藏医学部分《四部医典》、《千万舍利》、《医学集要皑·罔》等诸多珍贵医学校订工作。在八邦寺院建立了藏医学校，培养了很多藏医药学优秀人才，编著了许多藏医学书籍，创立了独具特色的南派藏医药分支——康巴派系南派藏医药，顺理成章地成为了又一南派藏医药的重要发祥地之一。根据这一实际，于2006年6月，国务院对甘孜州颁发了甘孜南派藏医药学非物质文化遗产证书，体现了党和国家对民族传统文化部分甘孜南派藏医药的极高重视与支持程度。