据有关历史资料表明，藏医药有近2000年的历史。公元前3世纪，藏族就有了“有毒必有药”的哲理性论据，这概念充分说明了在此以前青藏高原已初步形成了起居、饮食、保健等原始医疗体系，当时虽然没有形成完整的医学理论体系，但已有放血、火灸、涂摩，用酥油溶液来止血、用青稞糟来治疗外伤等简易的治疗方法。到了公元7世纪，藏王松赞干布统一青藏高原，建立强盛的吐蕃王朝，并邀请周边其它民族的医学专家和译师专家，配合西藏的医学专家，吸收了印度医学和汉族中医药的精华，整理和编著了哲学、佛学、医学等各学科的经典著作，其中有关医学方面的有《医学大全》、《无畏的武器》、《月王药诊》、《四部医典》等经典医著，促进了藏医药学的发展，给人体生理、病理、病因机制、诊断、治疗等方面奠定了坚实的理论基础。到了公元1450年左右，藏医对药物的识辨及对《四部医典》的某些理论领域有异见的两大学派即南派和北派学术争鸣的出现，标志着藏医药学发展到一个新的阶段。公元1600—1959年间，藏医药稳步发展，没有出现活跃的局面。
西藏和平解放后，党和国家重视民族医药的发展，在西藏、青海、甘肃、四川等地建立了藏医药机构，逐步走向正轨。特别是党的十一届三中全会以来，藏医药事业得到了前所未有的发展，西藏和青海分别成立了省级藏医院和藏药生产基地，即西藏自治区藏药厂和青海藏药制剂中心，四川、甘肃以及西藏、青海等地、市、州里成立了地级藏医医疗机构，部分县里也成立了相应的藏医机构，西藏医药走向规范化、科学化。