由于宇妥刻苦钻研，坚持理论联系实际，他的治病技术和医学理论水平日益提高，声誉渐大。他曾治好了赞普赤松德赞的牙病和眼疾，被晋升为御医。赞普还让他与西藏8位名医辩论医理，宇妥大显才华，取得胜利，枝誉为“西藏九名医之首”。但他从不浮夸自满，矜持高傲，仍然虚心向别人学习。他特别推祟当时的汉族名医东松嘎瓦。一次，在答辩中，当东松嘎瓦问他会不会治疗半身不遂和鸡、狗毒病时，宇妥毫不掩饰，明确回答不会，并诚恳地拜他为师，向他求教。东松嘎瓦见他态度诚恳，治学认真，为其精神所感动，爰将自己所著之《医治中风生命论》、《医治犬(病)匕首论》、《医治鸡(病)标志沦》等三部医书赠送给他。宇妥常说：“水勺用多了，罐子也会坏的；骑马骑多了，也会从上面摔下来”。意思是说，作为一名医生，即使经验再丰富，也总有失误的时候，需时时告诫自己，切忌不懂装懂。
宇妥是一位医学、药学上的多面手。在诊断学上，对尿诊和脉诊极为重视，并有相当高的造诣。他不仅严于律己，而且要求助手们对尿液仔细观察，辨别其颜色、味道、发出的蒸气，沉渣以及静置后尿色的变化等等。所有这些方法是不无其科学道理的。诊断时，他主张对患者的病状及体征详尽地检查，认为辨不清病症就仓促治疗，就是无的放矢，是绝对要不得的。不能辨别病症的医生，无异于一般动物。辨症时，他强调弄清其寒热属性，只有弄清病症的寒热属性，才能对症下药，或决定用针灸、放血甚至外科手术。对于持脉之道，宇妥也有深刻的研究。他要求医生切脉要用手指按摸病人左右寸、关、尺部位六脉，判明寒热，专心致志，切忌粗心大意，与旁人闲谈，草率从事。只有平心静气，方能领会脉象的各种表现，做出正确的诊断。不仅这些，他还掌握了大量治疗技术和生理病理知识，会动外科手术包括头部手术、粉碎性骨折手术及由体腔内抽去积水等手术。在一般治疗中，他用复方，必要时常借助针灸、放血等方法辅助治疗。他善于用功法，催吐时认为要像用鱼钩钓鱼，当机立断，干脆利落，才能有效。他曾正确地指出：食物中脂肪等营养成分过多，就会引起高血压以及肝系统的疾病，这与现代医学观点是一致的。
宇妥不仅是一位学识渊博、医技高超非凡的“医圣”、“药王”，而且是一位具有宽广胸怀、仁慈厚道、医德高尚的伟人。他朴素而又含义深刻的教诫里，凝聚了对古代劳动人民赤诚的爱和无限的同情。总其概括有：医生要坚持人道主义精神，精通医术，救死扶伤，以“致力于为民众治病”为自己的天职，应当为人类获得光明的信念；治病不分高低贵贱一视同仁，不图钱财，并具体规定：对穷人要有怜悯之心，给穷人治病，不要喝酒；患者家中无马，不要要求对方牵马请乘，自己走去，平等待人，不要以个人恩怨出发，无论病人病情如何，定要尽到治病救人的职责；不要把病人的屎、尿、血、痰等排泄物视为脏物厌恶嫌弃；正直为人，实事求是，“不做坏事，不做狡猾的事情”，要谦虚，不要夸夸其谈，不懂装懂，自欺欺人，贻误病人；不守旧，重视学术交流，看病不分国家地区，科学研究不分国界等等。有一次，他的家乡一位叫根居的医生，视宇妥父子为敌，宇妥•云丹贡布心里念到：“我给病人治病，积怨于这些庸医，这些人真可悲。”这时，根居的女儿宗玛身患妇科杂症，他束手无策，其妻要请宇妥父子为女儿医治，他却说：“宁让女儿死了，也不请老畜牲父子。”宗玛母女坚持己见，终于来请宇妥父子前往行医。可是宇妥儿子非但不去，也不让父亲去，宇妥心想：“病人与医生，医生如仆人，若不忍邪恶之举，医生就不能心怀慈悲医治病人，还是以德报怨为善。”于是，应邀前往治愈了宗玛的病症。根居心悦诚服，顶礼致谢，并请教医诀。宇妥不记前嫌。向他传教了医诀验方。
宇妥•云丹贡布光辉的一生，除了为世人留下了许多宝贵的精神财富外，还为我们留下了大量不朽的医学著作。他经过几十年的临床经验，广泛收集整理研究各地民间医疗土方。翻译汉文医学著作并吸收其精华，认真总结藏族人民丰富的医疗经验，博采众家之长。历数十年的日夜辛劳，终于编撰出著名的古代藏医学巨著《四部医典》，以创造性的劳动，奠定下藏医学理论的基础，创立了较完整的藏医学体系。为发展藏医学，建立于不朽的功勋。在此之后，他还编写下《实践明灯》、《经验明了》，《珍珠医诊串》、《原药十八种》、《人体内针灸穴位》、《脉诊及其启事》、《解剖学魔镜》、《脉学师承记》、《灸法教本》、《催吐药》、《下泄药》、《四类特殊名望》，《三类特殊深远》、《十八支内秘诀十八支考支》、《聚宝综合》等30多部医学论著。
《四部医典》集古代藏医之大成，其内容丰富广泛，从人体卫生保健、胚胎发育、分娩、生理、解剖、医学理论到临床实践，从病因病理到诊断治疗，从药物到方剂，治疗原则，疾病分类等都有详细的叙述。其理论基础就是将“龙”、“赤巴”、“培根”三大因索贯穿其中，既支配生理活动，又支配病理活动。认为人体内具有上述三大因素、七大物质基础(饮自精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精液)、三种排泄物（大便、小便和汗)。三大因素主宰并支配着七大物质基础和三种排泄物的运动变化。在正常情况下，三大因素保持平衡；一旦失调、平衡遭到破坏，则导致人体发病。随着三者的变化、盛衰不一，疾病的类型、部位、轻重安危也随之各异。除外，作者还明确指出：人体正常生理活动还依赖于气血的存在和运行。气血经过血管循环周身，心脏是血气运行的总部，心脏的血肝供给，有血无气，血无动力而停运；有气无血，身体则干枯；气血枯竭，生机在亡。
在药物学上，该书记载药物近千种，将藏药分为寒性、热性、用湿热药治疗寒性疾病，寒凉药治疗热性疾病，将藏医发展为六味、八性、十七效等。
在解剖学方面，该书不仅对人体各部位有详细描述和记载，而且还绘有彩色挂图79幅，形象地把主要内容分类系统地描绘出来。特别值得指出的是公元17世纪末由藏医兼画家洛扎•丁津诺布所绘制的一幅解剖图，他根据尸体解剖的真实位置，正确地绘制了人体心脏在胸腔正中偏左的位置上，心尖朝左下方。从而摆脱了宗教观点的束缚，纠正了过去主观臆测，把心脏的位置画在胸腔的正中，而且心尖朝上的错误。
在生理学上作者科学正确地指出：妇女12岁来月经，50岁停经，其间每月一次。月经期常有腰部和下腹胀痛，乳房发胀，情绪急躁不稳定等。当受孕之后，女婴39个星期分娩，男婴40个星期分娩。胎儿的骨骼、精髓、筋(韧带)、五脏是由父亲的精液产生形成；肌肉、脉胳、六腑是由母亲的血液和营养产生形成；母亲的营养物质是通过脐带供养胎儿等等。但是，藏医学的发展与宗教文化有着千丝万缕的关系，宇妥毕竟生活在一个等级森严且佛教盛行的社会里，他的医学观点无不打上时代的烙印。佛学中的因果轮回、宿命报应，只有“仙人”，才能“平息八方魔类”，只有“无量殿堂的宝药”方能“使热病转凉，使寒病转暖”“药物密咒两效应”以及鬼神、符咒、“魔障”等唯心主义的色彩不乏其医著内。对此，我们既要批判地继承那些珍贵的历史文化遗产，又不能苛求古人。总之，《四部医典》是古代藏族劳动人民智慧和汗水的结晶，千百年来被藏医、蒙医奉为经典医著，后来经过历代藏医学家的修改、补充、注释、整理而日臻完善。公元11世纪时，扎巴•俄西对原著进行丁研究考证，作了修改补充，增加了茶、药、食物等章节；并将《月王药诊》的脉诊章节吸收编入。16世纪时，有众多的医学家注释总结新发展了藏医学内容，于1573年第一次刻版印刷，产生了藏医最早的刻版繁本《扎当居悉》，五世达赖阿旺罗桑嘉措执政时在布达拉宫刊行。第巴•桑结嘉措摄政后，由于他本人也是一个著名的藏医学家。因此对藏医药学倍加重视，致力发展民族医药事业。1678年，桑结嘉措将《四部医典》简本与繁本(包括宗嘎版、干木保版、蚀丹版、乌东巴版、扎当版等)收集起来做了全面的整理、校对、修订和注释，编出了《四部医典蓝琉璃》一书。到了十三世达赖喇嘛时对此书又做了厘订和文字修改。《四部医典》自成书问世以来，有上百种注释本，并先后译成了汉、蒙等文字，对我国西藏、青海、蒙古等地区的影响颇大，也一直是这些地区医病防病的指南与依据，而且是今天各地藏医学校和藏医院所使用的基苯教材。除此，该书在国外也很有影响，在很早以前就有俄文译本，如1898年巴德玛耶夫(badmaev)译本，1908年的波兹德涅耶夫(pozhneev)译本。1976年又有西德芳克(eji—sabethfinekh)的部分译本等等。
宇妥•云丹贡布的晚年，除了继续著书立说以外，他还把主要精力放在医学教育方面，培养了众多的藏医学人才，其中有“本然巴”学级的名医50人，“然觉巴”学级的名医50人,“噶居瓦”学级的名医100人。他还创建了工布门龙医学寺院，收门徒千余人，潜心讲授并研究医药学，为藏医学开创、奠基和发展做出了卓越的贡献。相传唐大和六年(832年)宇妥•云丹贡布逝世，享寿125岁。他奋斗的一生，为开发、繁荣民族文化做出了卓越的贡献，这不仅是藏族人民的骄傲，也是中华民族的骄傲。他的丰功伟绩，将永垂青史，为后人所景仰缅怀。