（一）基础理论
藏医有自己系统而完整的理论，在这些理论中，三因素理论（又称三因学说）是它的核心内容之一。藏医学认为，隆、赤巴、培根（藏语译音）这三种因素，是构成人体并进行生命活动的物质及其能量的基础。其中隆是主导人体全身机能活动的一种动力，具有“气”的性质；赤巴是主导人体热能的一种因素，具有“火”的性质；培根与人体水液的物质保持密切联系，具有“水”和“土”的性质。在正常的生理状态下，三因素在人体内保持着协调和平衡，因而它是生理性的；一旦三因素中的任何一个因素或几个因素由于某种原因而出现过于亢盛或衰微的情况时，则出现隆的病态、赤巴的病态、培根的病态，它们又变成了病理性的东西，治疗上就需要对三者进行调整，使其恢复到原来的协调状态达到健康的水平。
依据三因素不同的生理机能和存在的部位，各自又有五种不同的隆、赤巴和培根。它们互相依存、互相制约，既具有各自不同的具体属性，又具有共同的特性。
隆：具有糙、轻、寒、微、硬、动这六种性质。“糙”的特点是性情急躁、舌苔厚而明显，皮肤粗糙；“轻”指身轻动作敏捷，性情易变；“寒”指喜欢就火向阳，避寒就温，食物喜热，喜饮温水热水；“微”指随处可到，无孔不入之意；“硬”则指易卷聚成形，如易生痞块，腹硬不易下泻等；“动”是善行而数变、情绪易激动。藏医把人的体质分成三种类型，即隆、赤巴、培根型。凡是隆型的人都有以上的这些性格和脾气特性。
赤巴：具有腻、锐、热、轻、臭、泻、湿等七种性质。其中的“腻”指皮肤油腻分泌较多；“锐”指性情暴躁，发病多急，患肿块时一般较易化脓；“热”指发病多为热性，喜凉食冷饮；“轻”是指得病较易治，轻松；“臭”指身体多汗臭，小便多而浓臭；“泻”指食不消化，易发生腹泻；“湿”指常有水湿痰液，易泻泄，易出现肿湿的病症。凡是赤巴型的人，其性格、患病病情多有以上这些特性。
培根：其特性为腻、凉、重、钝、稳、柔、粘等。这里的“腻”指粘腻而带有油性，如舌苔腻滑，排泄物也多粘腻而油质之感；“凉”为身常凉。因而喜温食热饮；“重”指身体重浊，行动懒慢，不喜活动，患病病情一般也较重；“钝”指发病一般较慢，不易转成他病；“稳”指病情不易产生突变；“柔”指舌苔较薄，皮肤润而嫩柔，疼痛一般也轻微；“粘”指排泄物一般多有粘腻润滑之感。凡是培根型的人，其性格多具这些特点，其所患病症也多有这类性质。
（二）生理和解剖
藏医对人体的构造有较具体和深入的了解，在世界各种传统医学体系之中，可以说是最选进的。
藏医认为，人体有七种基础物质和三种秽物。这七种物质为食物精微、血液、肌肉、脂肪、骨骼、骨髓和精液。这七种物质都是有形的物质，构成人体的主要物质。三种秽物是指粪便、尿液和汗液。
关于人体内的器官，《四部医典》中记述得比较详细。对五脏（心、肝、脾、肾、肺）六腑（胃、大肠、小肠、胆、膀胱、精府）、肌肉、脉络（血管和神经）的位置、数目均有描述并绘成图象。在生理方面，主要对月经周期、胚胎发育、分娩、神经和消化系统的功能等作了详细论述。如书中指出：妇女十二岁月红来潮。五十岁绝经，每月行经一次。月经来潮时，妇女常有腰部和下腹胀痛、乳房发胀、情绪不稳定等表现。怀孕后，胎儿经38周多发育成熟开始分娩，每周的发育情况均有详细记述。同时还指出胚胎发育过程中，要经历鱼期（相当水生动物）、龟期（相当于爬行动物）、猪期（相当于哺乳动物）三期，体现了动物进化过程的几个阶段。正如恩格斯所说的：“母腹内的人的胚胎发展史，仅仅是我们的动物祖先从虫豸开始的几百万年的肉体发展史的一个缩影”。胎儿之所以发育成熟，是母亲的营养物质通过肌带供养胎儿的结果；关于妇女的月经周期、胎儿发育过程和分娩的记述，与现代医学生理学是基本一致的。
在解剖方面，对五脏六腑的位置作了记述，并绘制成图，还采用了比喻说明。如心脏相当于“国王”，肺相当于“大臣”和“王子”。这与中医的“心为君主之宫，肺为相傅之宫”等说法颇为类似。特别值得指出的是，在公元17世纪末叶，藏医兼画家的洛札*丁津诺布从尸体解剖的实际出发，一反传统观念，画出了新的解剖图，正确地把心脏画在胸腔正中偏左的位置，心尖朝左下。纠正了长期以来将心脏的位置画在胸腔正中，而且心尖朝上的错误。对于气管和肺、腹腔内各脏器的解剖位置和形状，也都绘制得更加符合人体实际情况。对人体骨胳的数目也作了记载，如牙有32颗，肋骨14根，四肢大关节12个等等。这在我国人体解剖学史上是一个重大的贡献。
关于神经和血管方面，藏医学认为人体内有各种脉络，其中有些是相互连接的，叫联结脉。联结脉分白脉（即神经）和黑脉（即血管）两种，脑为白脉之海，自脑向脊髓内伸出一支较粗的命脉，再发出若干分支，分布于五脏六腑及四肢和具有知觉功能的无数水脉。如白脉受伤，便丧失司管运动和知觉的功能。黑脉又分跳动的脉（即动脉）和不跳动的脉（即静脉），跳动的脉与心脏相连接。总之，脉络是气血的通道，是维持人体生命的根本。早在公元8世纪藏医对神经和血管的功能就有这样深刻的认识，对我国医学也是一大贡献。
（三）疾病的诊断方法
藏医的疾病诊断方法主要是问、望、切三诊。诊断是为了认识疾病，认识疾病要靠症状。病和症状的关系好比火和烟的关系一样，火是烟的基础，烟是火的表现。所以认识疾病，必先认识症状，这是非常重要的。
问诊 所包含的内容和中医问诊相同。
望诊 除与中医相同外，还特别注意尿诊。尿诊是藏医观察疾病极为重要的手段之一。其观察内容包括尿的颜色，蒸汽大小，臭味浓淡，泡沫大小、多少、颜色浓淡、消失快慢，沉淀物的有无和形状，漂浮物等。例如，热性病人的尿呈红黄色，臭味浓，蒸汽维持时间久，泡沫呈黄色，消失快，沉淀物呈乱云状。
切诊 切脉的部位和方法基本上与中医相同。用寸（食指尖）甘（中指尖）恰（无名指尖）三指切手腕搏动脉。切脉的手法分浮取、中取、沉取三种。寸、甘、恰所代表的脏腑，男女略有区别。男左手的寸、甘、恰脉，分别反映心、脾、肾（左肾）及精府，右手的寸、甘、恰脉分别代表肺、肝、肾（右肾）。女寸脉反映的脏腑，左手为肺，右手为心，其余相同。
正常人一息（一呼一吸）脉跳五次，多于五次者有热，少于五次者有寒。脉象因病而异，主要分十二种。热性病的脉象为浮、洪、大、弦、滑、硬；寒性病的脉象为沉、迟、弱、细、浮、虚。
藏医诊病除问、望、切外，还有药物试诊法。总之，根据三诊诊断得到的印象，加以综合分析和归纳，从发病原因判断疾病的性质，从症状和体征判断疾病的类型，这些与中医的诊断方法基本相似，从而说明藏医学与中医学具有密切的渊源关系。
（四）疾病的治疗原则和方法
藏医学理论认为一切疾病的起因有内外两种因素。内因是隆、赤巴、培根三大因素失调；外因是起居失常，生活不当及环境变化。疾病种类甚多，但归纳起来可分为热性和寒性病两大类。隆病、培根病及慢性病一般属于寒性病；赤巴病、血病及急性病一般属于热性病。因而医生诊病主方时必须根据“寒者温之，热者寒之“的原则，即寒性病以温或热性药治疗，热性病则以凉或寒性药治疗，这是主要的治病原则。此外，根据不同情况还有具体原则，如单一病种要用主药治疗；两种病并发，要选其主要病治疗；大病或重病以药物治疗为主；小病轻病以调养为主，以药物治疗为辅；久病不愈要考虑诊断是否正确，用药是否有误等等。
在治疗方法上，分内治和外治。内治以内服药为主，辅佐以营养。在服用营养药品时，必须根据病情轻重，病的性质，选择相应的滋补药品或食物，其目的是补虚除弱，扶正祛邪。在外治方面，有放血疗法、按摩、擦身、火灸与艾灸、拔罐、敷（热与冷敷）罨、药熏、穿刺、药水浴等多种方法。
（五）藏药学理论及用药原则
藏药学理论认为药物与五元有关，其性、味、效亦源于五元。五元（土、水、火、气、空）中土元为药物生长之本源；水元为药物生长之汁液；火元为药物生长之势源；气元为药物生长运行之动力；空元为药物生长之空间。五元缺一，药物则不能生长。这就阐明了药物生长与自然环境的统一关系。同时又指出：土水偏盛的药物味甘；火土偏盛的药物味酸；水气偏盛的药物味辛；土气偏盛的药物味涩；火气偏盛的药物味咸；气水偏重的药味苦。
藏医在临床上用药是根据药物的六味、八性、十七效辩证主方。
六味 即甘、酸、苦、涩、辛、咸。甘味具有增强体力，补气固本，荣润肤色，开窍舒胸，生肌愈疮，干黄水（注：除湿之意）的功效。苦味具有清血热、赤巴热，健胃舒胸，增生肤肌的功效。酸味具健胃消渴，增生体温，生培根之效。辛味具有增生胃热，消积化食，镇静催眠，驱除肠胃寄生虫之效。咸味具有熄风镇静，消烦渴，生赤巴，干黄水，增生血压，下死胎之效。涩味具有通淋止泻，复苏开窍，荣润肤色，驱虫之效。
八性 即寒、热、轻、重；钝、锐；润、糙。药性“重、润、寒、钝”者可治隆病、赤巴病；药性“轻、糙、热、锐”者可治培根病。
十七效 即药物具有寒、热；温、凉；干、稀；润、糙；轻、重；稳、动；钝、锐；柔、燥；软等十七种效能。每种药物都具有固定的性、味、效。必须根据十七效的对治配伍主方。所谓对治，就是采用药性与病性两两相对或相反的方法进行治疗。寒性病用热性药治之，热性病用寒性药治之。同理，温以凉；轻以重；柔以燥等进行对治，这就是用药的指导理论和原则。