繁荣时期 (17 世纪中叶—20 世纪中叶 )17 世纪 , 在大力弘扬佛法的同时重视发展藏医药学 , 采取了许多重大措施使藏医药学进入鼎盛时期。 批准香若·囊索多杰的请求 , 重新对《扎塘版四部医典》进行木刻印刷 ; 命令东珠华巴、达莫曼然巴和南郎班钦三人对新版《四部医典》进行认真校对并亲自作了序。与此同时 , 刻版印刷苏喀·洛哲杰布著的《祖先口述》 ; 下令达莫曼然巴搜集编纂《新老宇妥传》和整理新宇妥著的《医学十八支》 , 并木刻印刷这两部著作。另外 , 木版印刷了达莫曼然巴著的秘诀部注疏祖先口述《善说金饰》和后续部脉诊尿诊章以后的注疏祖先口述《疑难金刚结解》 , 这些措施使得许多医学经典得以传世。尔后积极兴办藏医药教育 , 先后在拉萨的哲蚌寺西宫新建 " 索日卓盘林 " 即医学利众院 , 任命尼塘仲钦·洛桑嘉措为教官 , 强欧囊索达杰为管理主持 ; 恢复日喀则桑卓则建立的藏医学堂 " 章松堆贝林 " 即仙医云集院 , 任查戎巴为管理主持。此后又在 布达拉的 " 夏钦觉 " 、 " 玉嘉觉 " 及桑甫尼玛塘建立藏医学校 , 由强欧巴和达莫曼然巴负责管理 , 为学习藏医创造条件。摄政王桑杰嘉措修订《扎塘版四部医典》刻版印刷了现行的《四部医典》 , 并对这部用偈颂文体写成的经典进行了全面注释和补充 , 写成《四部医典疏·蓝琉璃》 , 桑杰嘉措还组织著名画师绘制了 " 曼汤 "79幅 , 并著有《藏医史》、《秘诀补遗》等一些医著 , 对藏医发展做出了重大贡献 ( 见第司·桑杰嘉措条 ) 。这一时期出生于洛卡亚多地方的达莫医学博士洛桑却哲是一位医学知识渊博的大师 ,他一生著书很多 , 其中《秘诀秘函》、秘诀部祖先口述《善说金饰》、后续部祖先口述《疑难金刚结解》及《新老宇妥传记》等最为著名。他的亲传弟子有医学博士洛哲却佩等多人。总之 , 甘丹颇章王朝时期 , 藏医在医疗、教学及对《四部医典》的研究发掘等方面取得了重大成绩。 这一时期藏医学不但在西藏地区得到发展 , 而且在西康、 安多、内蒙古等地也有较大发展。
西康地区 , 司徒·却吉迥尼最为有名 , 他著有许多医书 ,也译有脉诊、天花治疗等中医书籍 , 在德格八蚌寺创办的藏医学堂 , 培养了八邦温、嘎玛艾勒丹增、帝玛尔·丹增彭措等许多著名藏医学家 , 推动了这一地区的藏医的普及和发展 ( 见司徒医学传承条 ) 。
安多地区 ( 甘肃、青海地区 ), 这一时期在塔尔寺、拉卡楞寺、夏琼寺、拉加寺、赛科寺、拉莫德钦寺及佐宁寺等著名格鲁派寺院中先后建立起曼巴扎仓 ( 藏医经院 ), 成为藏医药教育和治疗的中心 ( 见曼巴扎仓条 ) 。另外 , 这一时期拉萨药王山利众院派遣了著名医生罗桑却佩和格桑亚尔培两人去外蒙古做克利卡吉宗丹巴的保健医 , 派遣嘉木样克珠任国师章嘉佛的保健医。 1745 年于北京雍和宫成立曼巴扎仓 , 培养不同民族的藏医学生。同时在内蒙古哈力哈和西霍尔等著名大寺院内建立藏医曼巴扎仓〔一般认为在索南嘉措 (1543 —1588) 时期建立的〕培养蒙族学生 , 由此藏医在蒙古族地区进一步发展起来。这一时期安多地区和内蒙古地区涌现出了许多著名藏医学家 , 其中比较有名的是更钦晋美昂布、章嘉若贝多杰、松巴堪钦益西班觉、隆吾赞卓佛班玛巴扎 ( 又名嘉华丹巴热杰 ) 、蒙古阿旺王、敏珠佛诺门汗降贝却吉丹增赤列、江隆班智达罗桑却佩、蒙古恰霍尔博士洛桑次成、 蒙古郎柔丹达尔等多人。松巴堪钦益西班觉 (1704-1788) 著有《医学甘露流》、药物学《白晶鉴》、医疗精选《甘露喜庆》、秘诀萎萃《甘露滴》等医书。敏珠佛诺门汗嘉华却吉丹增成列著有一切医学书籍精华汇编《秘密宝源》。隆吾赞卓佛班玛巴扎著有《医学总论》、常用药物《绿绒蒿束》、《九味防疫方剂》等。恰霍尔博士洛桑次成著有药物学《奇美眼饰》 , 并附有药物标本图 , 还著有《金属锻灰》等药书。蒙古医生郎柔丹达尔著有《四部医典》疑难注解 《殊胜金色词子串》及《四部医典研究》等医学著作。另外西藏上部拉斗地区以及锡金、不丹、尼泊尔、印度等国家也先后传人藏医学 , 为这些地方人民的健康做出了非常大的贡献。 19 世纪 ； 藏医药史揭开了新的一页。土丹嘉措 (1876 —1933) 十分重视发展藏医药学 , 用藏医为一切众生和患者造福 , 曾下令恢复和加强以前建立的药王山藏医利众院 , 委派自己的两位保健医、原药王山著名医生洛藏桑布和丹增嘉措去该院担任教师 , 提高藏医教学水平。并命令丹增嘉措主持藏医药书籍的刻印工作 , 出资修建药王山利众院印刷室 , 将以前保存在印刷房内的《四部医典》、《蓝琉璃》、《秘诀部补遗》、《晶珠本草》、司徒的《大疏》等藏医药经典的陈旧木版全部重新刻制成新版 , 后来把这些新版称为药王山版。 1893 年 , 十三世达赖亲自校订《四部医典》木刻版时 , 发现还有错别字和遗漏等问题 , 认为 " 这《四部医典》是掌握众生生命的根本 , 要认真校订 , 使之成为医书范本。 " 于是出资费用并令保健医俄金·丹增嘉措和药王山教师华丹彭措、贡却德勒等进行校订。 1897年封苏喀派名医羌青巴·强巴土昂为保健医和堪琼 , 任命强巴派名医夏吾丹却华旦为副保健医 , 委派两人主持药王山藏医学堂的教学和管理工作。 两人尽职尽责培养出了大批学员。第一批学员中的隆珠扎巴 , 第二批中的山南钦饶诺布和次成年扎、格桑勒协、土旦达杰等都是出类拔萃的人才。上述强巴土昂针对藏医中妇产科和儿科不够健全的情况 , 曾撰写了《小儿护 理·利众心宝》一书 , 此书从婴儿接生 , 哺乳、护理、疾病预防、治疗、安全用药等 19 个方面介绍了小儿保健知识 , 并创制出 8 种小儿药品。书籍和药品发至县乡和溪卡广大 地区 , 向孕妇进行教育和宣传。
1916 年 , 十三世达赖创办了拉萨藏医历算学院 , 这是 一所医疗和教学兼备的培养藏医高级人才的机构 , 藏语 称 " 曼孜康 ", 钦绕罗布任院长。钦绕罗布在教学上注重理论联系实际 , 为了形象直观教学曾复制了全套彩色医学 " 唐卡 ", 规定学生每年上山采药、认药半月 , 在门诊部诊治病人等 , 这些方法对提高教学质量起了积极作用。 这所学校先后培养出了千余人高级藏医人才 , 其中还有很多是印度等外国学子 , 他们为藏区和国外的藏医事业作出了贡献。钦绕罗布在学术上也有很大的成就 , 著有藏医理论、药物、临床等方面的许多有价值的著作 ( 见钦绕罗布条 ) 。