藏医学的基本理论依据是《四部医典》，藏语《居悉》。典中记载了详细的藏医理论，可是因篇幅有限，在此只能简单地介绍理论要点。
藏医认为：人体无病期间维持的三大因素（即龙、赤巴、培根）和七种物质（即乳糜、血、肉、脂、骨、髓和精），它们均可在“赤巴”产生的热能作用下，逐渐变成“精华”，此“精华”散布全身，使人发育成长，保持健康。三种排泄物包括：粪便、尿和汗，可以通过它们将体内的废物排出体外。另外，藏医学还对胚胎发育过程的论述很细致，指出当男女同居时，男子精液进入子宫同女子经血混合即可受孕，孕期38周。精液是人体中最上等的精华，它产于睾丸，功能遍布全身，使人容光焕发，健康长寿。
《四部医典》是公元8世纪由著名的藏医学家宇妥·云丹贡布等所著。他们吸收了《医学大全》、《无畏的武器》（可惜此书早就散失，藏医大师钦绕罗布先生曾说，该书的主要内容均辑录于西藏的《四部医典》之中。）和《月王药诊》等著作的精华，并总结了藏医药的临床经验，亦吸收了中医药学、天竺和大食等医学的精华，用十几年的时间，约在8世纪末著成。后来经世代许多藏区药学家的修改、增补、注释、整理而愈趋详细完整，直到公元10世纪经老宇妥·云丹贡布的第13代后裔小宇妥·云丹贡布进行了全面修订。后来，苏嘎·洛追杰布(1509-?)于公元1546年刻印了“扎当”《居悉》。在五世达赖（1617-1682年）和第司·桑杰嘉措（1653-1705年）执政时期，重新对“扎当”《居悉》进行了校对和修订，刊刻了现行的《四部医典》。
《四部医典》全书156章，原著是用九个字一句的藏文写成的韵体文，为了不失原意和使读者容易理解，本书以白话文译出，并作了必要的注释。全书内容丰富，篇幅较多，但归纳起来有五个方面：基础理论、生理和解剖、疾病的诊断方法、治疗疾病的原则和方法、药学的基础理论和用药原则。因此，藏医学现有一套完整的理论体系，并有丰富的临床实践。